如何准备pdbq和pdbqs文件
这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。
在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。
比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：
％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
对于小分子配体文件，要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
会提示定义环，选1－>c－>c就可以了。
这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量操作了。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
二价镁离子的浓度为0.00001mol/L. 请将单位转换为1,ppb;2,mg/L;3,meq;
1. 240000ppb 2. 240.24mg/l 3. 0.00002mol/l或者0.02mmol/l 4. 1000000ppb
二价镁离子的浓度为0.00001mol/L. 请将单位转换为1,ppb;2,mg/L;3,meq;4,ppb(CaCO3)
1. 240000ppb2. 240mg/L3. 0.00002mol/L或者0.02mmol/L4. 1000000ppb(个人认为应该以钙离子浓度表示,即:400000ppb)
jpg gif等图片格式如何转换成palm用的pdb格式
推荐个软件:ACDSee Mobile for Palm http://dl.pconline.com.cn/html_2/1/114/id=3964&pn=0.html
如何将doc文件转换成PDB文件,当然了最好能保留doc文件重的表格
最简单办法,用WPS2007,那里面有直接制作PDF的选项,点击就可以了
怎样才能pdb打开文件啊?
一般用于电子书或手机电子书 pdb是Palm DataBase的缩写,Palm OS所用文件的扩展名为.pdb。 可以使用PalmReader打开。 如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转 PDB文件阅读器 一. 设计思路 好像PC端的PDB文件查看软件不多，一个PDBingo1.504其英文界面不说，就中文内容也显示不出就很不方便(都屏蔽成…了)，鉴于这种情况，并且一些电子图书也只能在模拟器上看，如果碰到不同内码的汉字更是麻烦，鉴于此我利用工作之余写了这个免费程序，方便各位胖友查看PDB文件结果和查看电子图书，希望我的劳动能给各位带来方便。 二. 功能介绍 1. 查看PDB文件头信息，可以修改名称，模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便； 2. 查看所有记录，并显示各个记录的偏移地址、长度、属性、标识等信息； 3. 记录可以分文本方式、十六进制单记录以及浏览全部方式查看，并可以快速定位； 4. 可以浏览标准的电子书文件(包括压缩格式)； 5. 可以转换BIG5的电子书为GB格式； 6. 可以转换GB的电子书为BIG5格式； 7. 可以设置、保存看书的前后景颜色和字体； 8. 可以保存PDB文件内容到文本文件； 三. 软件特点 1. 完全免费； 2. 完全支持中文； 3. 软件支持文件拖拽，拖住PDB文件往里扔即可显示该文件信息； 四. 程序下载： 参考资料： http://www.palm119.net/down/LookPDB.zip
怎样用sybyl做docking
ybyl的docking模块是集成的FLexX。首先要将用于对接的受体选择好，保存成ent或pdb格式，最好选择晶体结构中本身就带有原始配体的受体；然后准备小分子库，这里最好事先把小分子加上电荷并进行一下结构的优化，当然也可以做一下相关的构象搜索，把优化好的小分子文件做成mol2格式的库，这两样东西准备好就可以运行程序了
1.定义受体描述文件RDF，就是把受体文件导入，然后就会自动出现让你选择活性中心的选项，一般只要选择原始配体周围6.5埃的范围就够了，或者也可以从图上手工选择都有哪些氨基酸，只是这样比较麻烦些
2.定义好受体描述文件后，在下面选择小分子库的位置，也就是刚刚做好的mol2文件。注意，这里有时由于Linux和windows系统的原因，mol2文件在Linux系统下不认，解决的办法就是在Linux下打开该文件后，随意修改一点东西，然后再改回原样，保存就可以了
3.选择怎样加电荷，如果开始优化小分子时已经加了电荷就选Use Existing，如果没有可以让系统加上形式电荷，或者选择不加电荷，根据需要
4.需要计算Cscore的要把该选项选中
5.其它设置基本默认就可以了，最后选择一个Job Name，就开始计算了
6.计算完成后，可以在Browse FlexX Result选项中查看对接的结果
我用过的基本就这些，希望能对你有所帮助
如何合并文件 pdb psf
在VMD中操作
1. 用vmd生成一个双层膜系统。
2. 载入蛋白质pdb文件。
3. 调整好pdb和膜（不要移动膜）的相对位置。
4. 保存调整后的pdb和膜的坐标（如果用charmm-gui可以不保存脂质膜的坐标，如果想最后合并该膜和蛋白质都需要保存，合并为一个整体的教程地址详看http://weibingsheng.cn/blog/index.php/home/index/read.html?id=161）。
5. 重复步骤3和4插入多个pdb到脂质双层中并保存对应的pdb坐标。
6. 生成PSF文件。将调整好位置的pdb文件用vmd里面的psf插件进行处理，对每个调整后的pdb都进行一次psf处理，会分别生成一个psf格式的pdb文件，这个文件是charmm支持的，也是下一步合并需要的。
7. 合并多个pdb文件。用vmd里面的合并插件分别将上面调整好位置的psf格式的pdb合并，合并两个pdb需要4个文件（比如1_autopsf.pdb 、1_autopsf.psf、 2_autopsf.pdb、 2_autopsf.psf），每次合成会按自己设置的输出名字生成两个文件（比如12.pdb和12.psf），然后再将12.pdb进行psf处理（不处理直接合成的话只能一次），所以每次合成后重新生成一次psf就没有问题了。
8. 将最后合并的pdb文件再生成一次psf就可以到charmm-gui进行参数设置了。（如果是组合了该膜和蛋白质的就要自己设置mdp和生产top文件，需要下载对应的itp文件和设置mdp参数，此步我跳过，我直接用charmm-gui更容易成功，选择了最简单命令最小的方法进行）
CHM转PDB(ISILO)乱码怎么解决?
不用转换吧 我用的也是isilo你现在你电脑上打开文本然后另存下边有个编码给改成UTF-8然后存上 然后同步到isilo里在更多里找选项–内容–在编码那也改成UTF-8就行了
如何将amber力场导入到materials studio中
不是VMD可以和lammps实时连接查看3D结构吗?另外,如果想用其他软件查看3D结构推荐vesta和Accelrys DS ViewerPro6.0,比较方便支持xyz格式,因为xyz格式比较简单,容易进行格式转化;如果你要用MS查看3D的结构的话就要转化成它支持的格式,用的比较多的是pdb,car和cif