RNA – seq比对到转录组
如果有注释较好的参考基因组的物种,可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上,也可以比对到从基因组注释出来的基因上,或者先比到基因组上再预测基因(也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程). 若没有注释较好的参考基因组,建议先用转录组序列从头组装(推荐trinity),再把从头组装的序列作为参考转录本,将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中.或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作为参考转录本.
如何分析rna seq数据
如果是定性分析,这可以选用 反转录pcr 如果是定量分析,可以用western印记来检测RNA量,或提取全RNA用电泳分析,或在所分析序列中加入荧光标签,观察所表达蛋白的荧光强度
DNAMAN序列比对时在添加序列时序列是用什么格式的啊?我在记事本里面直接保存的序列怎么不能添加呢?
可以直接讲序列从文本中复制过来粘贴到DNAMAN中,然后点选load seq就可以讲序列存放到chanel 1中,然后你可以将此序列保持成.seq的格式
rna – seq的3000个差异表达基因怎样进行go分析
“发现条件间差异表达的基因是理解表型变异的分子基础的一个有机部分.过去几十年中,DNA微阵列被广泛用于定量不同基因的mRNA丰度,更近期的RNA-seq作为一个强有力的竞争者冒了出来.
rna – seq的counts per million数据怎么求差异基因
rna-seq的counts per million数据怎么求差异基因 若lncRNA敲除或过表达后,一个基因是差异表达的,那么认为它是lncRNA的靶基因.LncRNA2Target提供了一个网络界面,用户能够通过该界面搜索一个特定lncRNA的靶,或者靶向一个特定基因的lncRNAs.或者通过浏览一个提供的lncRNA名字目录或者通过在搜索框中输入lncRNA/靶基因IDs/名字执行两种类型的搜索.
rna-seq得到的差异基因能不能与connectivity map数据库的数据去比较
一般一篇RNA-seq类的文章，其结论主要涉及两个方面的问题。对于文章中结论中涉及的具体与某个性状相关的基因，还是建议你把与结论重要的相关基因使用Qpcr验证一遍，然后就有底气回复了：“虽然没有重复，Qpcr的结果支持我的关注的这些基因嘛”。（比如我们之前就分享了一篇大牛的文章，只有2个重复的lncRNA，通过多种后期实验验证发了8分的文章，戳这里查看）如果你的文章重点讨论的是某些通路或一类基因集合，全部Qpcr验证一遍工作量太大，不现实啊。
还有一个办法，去数据库查找类似的研究数据来支持我们的结论。例如，华南农大周碧燕教授今年刚刚发表的研究超氧化物对荔枝退化叶影响的文章（查看文献解读戳这里~）。虽然设计了重复，审稿人依然不过瘾：能不能再找些证据？在和周教授协商后，我们从NCBI了一篇研究超氧化物对拟南芥影响的文章的数据。在进行分析比较后，我们发现拟南芥差异表达基因几乎在荔枝的差异基因中都能找到同源基因。于是，审稿人就再也不提这个问题了。如果是医学类的项目，找到同类数据应该理论上也更加容易。
当然，如果要发表5分以上的文章，建议还是设置生物学重复比较保险一些。以上的策略，也只能保证能够应答大部分审稿人的质疑，但有时候也会遇到死揪不放的审稿人。那么，额，还是撤稿换投吧，说不定知音就在下一家杂志社哟。
DNA序列比对中的同源性、相似性、一致性三个概念有何联系与区别?
相似性和同源性:相似性(similarity)和同源性( homology)是两个完全不同的概念.同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列.相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小.当两条序列同源时,它们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性(identity).如果两条序列有一个共同的进化祖先,那么它们是同源的.这里不存在同源性(homology)的程度问题,两条序列要么是同源的要么是不同源的.
急急急!请问测得了基因序列怎么进行同源性比对和构建进化树啊?谁可以帮我…不胜感激!
清宫表有很多,不足为信,人手不一 可以根据你生辰八字推算,但不能完全保证正确,而你也没有说自己的出生准确钟表时间和出生地,无法排八字
在医院做检查考下来的影像是SEQ格式的,怎么才能转换格式或者直接观看?百度搜的用WinAVI Video Converter 7.6 根本不行.
因为你所说的SEQ格式影像是x光机或CT类检查专用影像格式之一,是由医疗器械生产产商专门开发的,不是通用的影像格式,所以除在专用医疗器械中软件上使用之外,别的地方不会有相匹配的转换或播放器.解决方法建议在那台机器上播放,用摄相机拍摄下来,然后再到普通的电脑上播放.