如何将SDFile文件批量转化成mol2格式
方法很多,我列举一下: 1、DOCK程序中有个工具叫sdf2mol2,一听这个名字就知道是将sdf文件转化为mol2的.不过你需要和DOCK官方网站申请DOCK程序. 2、Openbabel或者Babel 这个软件非常好用,不过如果sdf是包含多个分子的文件,转化有些麻烦,需要先将多分子文件拆分成单个分子文件,即一个文件中只有一个分子,然后用babel转化就OK了,当然,可以用循环语句批量转化 上面的两种方法都是免费工具可以实现的,下面的方法就需要商业软件的支持了: 3、Sybyl 在Sybyl中读入sdf文件,生成表格,然后把表格中的分子另存为mol2分子即可. 4、MOE
Excel中如何使表格一的格式转换成表格二的格式
工具/材料:excel表格、word文档 1.打开一份excel表格,然后点击另存为. 2.接着在保存类型里面点击选择单个文件网页. 3.点击了之后,再在下面的保存里面点选选择(E):工作表,然后点击保存. 4.接着找到刚刚保存的文件,选中并选择打开方式为word. 5.打开之后,在word文档里面点击另存为. 6.接着在保存类型里面选择word文档方式,这样就可以将excel中表格转化成word.
硬盘分区如何格式转换?
1、请确定要转换格式的分区不是系统所在分区(C盘)或者没有真正运行软件的分区,最重要的是,没有重要文件在里面 2、右键点击需要转换格式的分区,点击格式化,弹出的框框里面有选择格式的. 3、如果你需要不格式化就能改变磁盘格式的话,请baidu一下,因为这里不方便详说
如何将文本的20121012转换成2012 – 10 – 12的格式?
假如“20121012”在A1单元格,在需要的单元格中输入以下公式就行:=LEFT(A1,4) & ＂-＂ & MID(A1,5,2) & ＂-＂ & RIGHT(A1,2)
如何把DAT格式转换为EXCEL表格?
1、首先打开一个新EXCEL,在里面选择打开想要转换成EXCEL的dat文件. 2、根据图片所示对EXCEL表格进行数据更改设置. 3、对数据进行设置以后再设置分隔符号. 4、接着点完成,选择【另存为】,最后把文件的后缀改为.xls即可.
录像带如何转化为光盘的形式
1、首先要把你的拍摄内容采集到计算机,需要有专业的采集编播设备.生成MPEG-1或MPEG-2文件. 2、根据自己的需要选择压缩成VCD或DVD影片格式. 3、选择一款专业的刻录软件,把内容刻录光盘.(不是说刻录机自带的软件不好,但有比它更专业的) 4、刻录时看清楚你要刻的是VCD还是DVD,CDR只能刻VCD,不能刻DVD影片. 5、在刻录视频影片光盘时,尽量选择低倍速刻录会更安全些.
字符是如何转换成二进制的
先求出该字符的ASCII码,然后再将该ASCII码值转换为二进制字符自己可以自定义一个十进制转二进制字符的函数.
怎么转换格式
转化为SWF格式文件 1. 准备工作 运用Dreamweaver软件,我们可以直接把SWF文件放入网页中,生成HTML或HTM文件.但是Flash5目前只能导入MOV格式的动画文件,其他格式的动画文件需要转换后才能导入,方法却十分繁琐,而且声音播…
autodock中dlg文件怎么只能看到配体
这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。
在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。
比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：
％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
对于小分子配体文件，要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
会提示定义环，选1－>c－>c就可以了。
这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量操作了。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
java中怎样将时间年月日转换成时间格式再转换成毫秒
这样就可以:public static void main(String[] args) {Date date = new Date();Long time = date.getTime();System.out.println(time);Date d = new Date(time);SimpleDateFormat sdf = new SimpleDateFormat(＂yyyy-MM-dd＂);System.out.println(sdf.format(d));}