我们要做一个蛋白质的结构分析,随便选一个蛋白质,老师说在pdb找一个蛋白,我下了PDF格式的,但不是全文
不是Adobe公司的PDF格式,是Protein Data Bank,pdb格式
[求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
好像没有这么麻烦吧,只用get-dockings name.dlg,则会在目录下自动生成name.pdb文件.
蛋白质pdb文件中,model指的是什么,为什么不同的model里原子坐标也不一样
model从1-15,我感觉应该是同一个蛋白的不同构象,你可以在看三维蛋白结构的软件中看一下;一般蛋白结构都是用X光进行晶体解析的,不同的结晶条件或者其他因素的影响,同一个蛋白的结构解析结果应该会有一些差别,不可能完全相同、绝对唯一;”model表示多亚基“我没太明白你的意思,pdb文件中不同的链没有用model表示啊,你所说的亚基是不同的链吗.
C++中.clw,.dsp;.cpp;.dsw;.rc;.ncb后缀名代表什么
.APS：存放二进制资源的中间文件，VC把当前资源文件转换成二进制格式，并存放在APS文件中，以加快资源装载速度。资源辅助文件。
.BMP：位图资源文件。
.BSC：浏览信息文件，由浏览信息维护工具（BSCMAKE）从原始浏览信息文件（.SBR）中生成，BSC文件可以用来在源代码编辑窗口中进行快速定位。用于浏览项目信息的，如果用source brower的话就必须有这个文件。可以在project options里去掉Generate Browse Info File，这样可以加快编译进度。
.C：用C语言编写的源代码文件。
.CLW：ClassWizard生成的用来存放类信息的文件。classwizard信息文件，ini文件的格式。
.CNT：用来定义帮助文件中“Contents”的结构。
.CPP或.CXX：用C++语言编写的源代码文件。
.CUR：光标资源文件。
.DEF：模块定义文件，供生成动态链接库时使用。
.DLG：定义对话框资源的独立文件。这种文件对于VC工程来说并非必需，因为VC一般把对话框资源放在.RC资源定义文件中。
.DSP：VC开发环境生成的工程文件，VC4及以前版本使用MAK文件来定义工程。项目文件，文本格式。
.DSW：VC开发环境生成的WorkSpace文件，用来把多个工程组织到一个WorkSpace中。工作区文件，与.dsp差不多。
.EXP：由LIB工具从DEF文件生成的输出文件，其中包含了函数和数据项目的输出信息，LINK工具将使用EXP文件来创建动态链接库。只有在编译DLL时才会生成，记录了DLL文件中的一些信息。
.H、.HPP或.HXX：用C/C++语言编写的头文件，通常用来定义数据类型，声明变量、函数、结构和类。
.HLP：Windows帮助文件。
.HM：在Help工程中，该文件定义了帮助文件与对话框、菜单或其它资源之间ID值的对应关系。
.HPJ：由Help Workshop生成的Help工程文件，用来控制Help文件的生成过程。
.HPG，生成帮助的文件的工程。
.ICO：图标资源文件。
.ILK：连接过程中生成的一种中间文件，只供LINK工具使用。
.INI：配置文件。
.LIB：库文件，LINK工具将使用它来连接各种输入库，以便最终生成EXE文件。
.LIC：用户许可证书文件，使用某些ActiveX控件时需要该文件。
.MAK：即MAKE文件，VC4及以前版本使用的工程文件，用来指定如何建立一个工程，VC6把MAK文件转换成DSP文件来处理。
.MAP：由LINK工具生成的一种文本文件，其中包含有被连接的程序的某些信息，例如程序中的组信息和公共符号信息等。执行文件的映像信息记录文件。
.MDP：旧版本的项目文件，相当于.dsp
.NCB：NCB是“No Compile Browser”的缩写，其中存放了供ClassView、WizardBar和Component Gallery使用的信息，由VC开发环境自动生成。无编译浏览文件。当自动完成功能出问题时可以删除此文件。编译工程后会自动生成。
.OBJ：由编译器或汇编工具生成的目标文件，是模块的二进制中间文件。
.ODL：用对象描述语言编写的源代码文件，VC用它来生成TLB文件。
.OLB：带有类型库资源的一种特殊的动态链接库，也叫对象库文件。
.OPT：VC开发环境自动生成的用来存放WorkSpace中各种选项的文件。工程关于开发环境的参数文件。如工具条位置信息等。
.PBI、.PBO和.PBT：由VC的性能分析工具PROFILE生成并使用的三种文件。
.PCH：预编译头文件，比较大，由编译器在建立工程时自动生成，其中存放有工程中已经编译的部分代码，在以后建立工程时不再重新编译这些代码，以便加快整个编译过程的速度。
.PDB：程序数据库文件，在建立工程时自动生成，其中存放程序的各种信息，用来加快调试过程的速度。记录了程序有关的一些数据和调试信息。
.PLG：编译信息文件，编译时的error和warning信息文件。
.RC：资源定义文件。
.RC2：资源定义文件，供一些特殊情况下使用。
.REG：注册表信息文件。
.RES：二进制资源文件，资源编译器编译资源定义文件后即生成RES文件。
.RTF：Rich Text Format（丰富文本格式）文档，可由Word或写字板来创建，常被用来生成Help文件。
.SBR：VC编译器为每个OBJ文件生成的原始浏览信息文件，浏览信息维护工具（BSCMAKE）将利用SBR文件来生成BSC文件。
.TLB：OLE库文件，其中存放了OLE自动化对象的数据类型、模块和接口定义，自动化服务器通过TLB文件就能了解自动化对象的使用方法。
.WAV：声音资源文件。
关于vs生成的pdb文件信息
首先,你Release版断点进去?那还是Release么,有了调试信息和调试编译,这只能叫做不完全Debug版,不是Release了. 其次,断点进不去和符号表信息没什么关系,如果禁止设置断点(DEBUG下)应该是编译信息出现错误,删除中间文件Rebuild All就可以了.如果是断点无响应,那么应该是代码逻辑或者代码编译逻辑有误(编译模式或者宏分支等问题)
怎么在pdb文件里测量两个氨基酸之间的距离
用VMD应该可以测量,对氨基酸的质 心和膜上接近垂直位置的几个原子分别进 行get {x y z},然后进行向量计算,取最小值就是距离了