如何将SDFile文件批量转化成mol2格式
方法很多,我列举一下: 1、DOCK程序中有个工具叫sdf2mol2,一听这个名字就知道是将sdf文件转化为mol2的.不过你需要和DOCK官方网站申请DOCK程序. 2、Openbabel或者Babel 这个软件非常好用,不过如果sdf是包含多个分子的文件,转化有些麻烦,需要先将多分子文件拆分成单个分子文件,即一个文件中只有一个分子,然后用babel转化就OK了,当然,可以用循环语句批量转化 上面的两种方法都是免费工具可以实现的,下面的方法就需要商业软件的支持了: 3、Sybyl 在Sybyl中读入sdf文件,生成表格,然后把表格中的分子另存为mol2分子即可. 4、MOE
怎样下载mol point hack?
下载mol point hack的方法如下:1. 登入你的MOL 账号,选择reload,reload choice 选Friend’s Account / Third Party2. Friend’s Account / Third Party 填入 dkpar81mmpct(确切的说是"MOL实物卡充值管理员")(原理后面会和大家详细介绍)然后冲值,(别害怕能给管理员充值,给管理员漏洞码充值是他自己需要验证的)关键就在这里了,点确定.这时系统会提示你冲值失败.3. 然后关闭冲值页面,重开窗口,重新冲值,就这样连续冲值3次失败以后,在第4次reload给自己,这时会提示你冲值成功.
BIOS文件在哪下载
1.有些品牌的电脑官网上有更新的BIOS文件和刷新工具,我的HP笔记本就是刷官网最新BIOS装的win7;
2.有些品牌的官网很久都不更新BIOS,就在网上搜比较新的(有个叫BIOS之家的网站),我的ACER笔记本就是这样刷的;
3.我的台式兼容机,主板是技嘉的,我刷成了DELL的,所以随便刷。
4.刷BIOS在不在DOS环境下取决于和你电脑的主板BIOS品牌对应的刷新工具。目前市面上较流行的主板BIOS主要有 Award BIOS、AMI BIOS、Phoenix BIOS三种类型。第一个我是在DOS下刷的,第二个我没遇到,最后一个直接在windows下刷。
刷BIOS之前要了解以上所有相关知识,还要准备好万一刷黑之后“盲刷”恢复的步骤和工具。
满意请采纳我!
如何安装molpro
安装molpro步骤
1、将下载的文件解压,添加权限,运行脚本: gzip -d molpro-mpp-2008.1-5.Linux_em64t.sh.gz
chmod x molpro-mpp-2008.1-5.Linux_em64t.sh
./molpro-mpp-2008.1-5.Linux_em64t.sh
复制代码2、安装过程中按照提示,依次操作即可:
Enter installation directory for executable files [/usr/local/bin]
/usr/hongcam/molpro2008p
directory /usr/hongcam/molpro2008p does not exist, try to create [Y]/n
Y
Enter installation directory for library files [/usr/local/lib/molprop_2008_x64]
/usr/hongcam/molpro2008p/lib
directory /usr/hongcam/molpro2008p/lib does not exist, try to create [Y]/n
Y
Installation of Molpro files complete
Please give your username for accessing molpro
hongcam
Please give your password for accessing molpro
abcdefghijk
Token downloaded sucessful
3、最后两项提示输入Molpro的注册用户名和密码,正式授权的用户在联网时可以自动从Molpro官网上下载并安装license文件。试用的时候忽略这两步,手动将.token文件置于Molpro安装路径的lib目录下,形如:/usr/hongcam/molpro2008p/lib/.token。
4、将Molpro加入PATH变量,这样可以直接调用,以bash为例,在~/.bash_profile中添加如下内容: export PATH=/usr/hongcam/molpro2008pPATH
如何准备pdbq和pdbqs文件
这里,mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说,mol2是比较通用的文件格式。不过,由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应,所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs,可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。
在不同运行平台,由于awk的版本不同,运行略有不同。
比如,在sgi irix中,直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的:
%mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中,这个命令提示出错。不过,这个命令分解为两个命令就可以:
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
对于小分子配体文件,要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
会提示定义环,选1->c->c就可以了。
这是针对单个配体文件来说的,如果对于数据库中的多个小分子,就需要编写循环脚本批量操作了。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子,可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock运行中,最占时间的是格点(grid)参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318;J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430),同一个课题组发表了两篇文章,主要是以P450酶为靶点,对autodock的源代码进行修改,使不同原子类型的格点参数计算一次完成,然后,不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中(proteins,200665:549-554),一个韩国课题组发表文章,利用autodock进行虚拟筛选,文章没有对格点计算方法进行详述,不过据我推想,他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时,他们还通过修改源代码,实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中(在原代码中,只能考虑水分子的氢键供体作用)。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本,通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能,这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
word样式创建或下载
写文章时经 常有一些词要重点强调,这时要将这些字设为黑体、加粗、加着重 号。就可为该格式创建一个字符样式。每当遇到这些词时,只要选 定这些词,然后应用自定义的样式即可。如果又要把字体加大,只 需修改所用样式就行了。
2.3.1 创建字符样式
创建字符样式的方法是:
(1)选择【格式】菜单中的【样式】命令,出现【样式】对话 框。
(2)单击【新建】按钮,出现【新建样式】对话框,如图2-3 所示。
(3)在【名称】文本框内键入新建样式的名字。
(4)单击【样式类型】列表框,有【段落】和【字符】两个选项,分别用来定义段落样式和字符样式,此时选择【字符】选项。
(5)在【基准样式】列表框中选择一种样式作为基准。默认情 况下,显示的是【默认段落字体】样式。如果要创建的样式同某个 已有的样式比较接近,可以选择该样式作为基准,这样只需改变不 同的部分,减少工作量。
(6)单击【格式】按钮,出现一个菜单,如图2-4 所示。
(7)选择菜单上的命令,将出现一个相应的对话框,可进行格 式设置。如选择【字体】命令,出现【字体】对话框,如图2-5 所 示。【预览】区和【预览】区下的说明可看到所设置字体的效果。
(8)单击【确定】按钮,返回到【样式】对话框。
(9)单击【关闭】按钮,返回到文档中。
2.3.2 创建段落样式
创建段落样式可以基于已排版的文本,也可以使用【样式】对话 框。
2.3.2.1 基于已排版的文本创建段落样式
如果有一段文本已经进行了排版,并且下面的许多段落要用到该 段落的格式,这时可以利用该段落创建一个段落样式,再应用到需 要的段落就可以了。
利用已排版的文本创建段落样式的方法如下:
(1)选择已经排版的文本,所选的文本应已经按照要求进行了 格式设置。
(2)单击【格式】工具栏的【样式】框。
(3)在【样式】框中键入要新建的样式的名字。
(4)按下回车键,就可看到刚创建的样式已经添加到【样式】 列表框中。
2.3.2.2 使用【样式】对话框创建段落样式
使用【样式】对话框创建段落样式的方法如下:
(1)选择【格式】菜单中的【样式】命令,出现【样式】对话框。
(2)单击【新建】按钮,出现【新建样式】对话框。
(3)在【样式名称】文本框内键入新建样式的名字。
(4)单击【样式类型】列表框,选择【段落】选项。
(5)在【基准样式】列表框中选择一种样式作为基准。默认情 况下,显示的是正文样式。
(6)为所创建的样式指定后续段落样式。后续段落样式指应用 该样式的段落菜单下一段的默认段落样式。通常情况下都选正文样 式。这时可在【后续段落样式】列表框选择要指定给后续段落的样 式。
(7)单击【格式】按钮,出现一个菜单。选择菜单上的相应命 令来为样式定义格式。
(8)如果要将自定义的样式添加到创建该文档的模板中,使基 于同一个模板创建的文档都可以使用该样式,选中【添至模板】复 选框。否则,新样式仅存在于当前的文档中。
(9)单击【确定】按钮,返回到【样式】对话框。
(10)单击【关闭】按钮,返回到文档中。
eml格式的文件怎么打开?》
1、点击键盘快捷键“系统键+R”. 2、之后调出“运行”对话框. 3、在“运行”指令框里输入“notepad”点击“确定”. 4、然后点击“左上角”的文件,选择“打开”. 5、选择eml文件并点击“打开”. 6、如图eml文件内容即可显示在记事本里.
htm文件怎么下载
htm是网页文件可以在浏览器的文件菜单中选择另存为,将文件类型选成html文件即可下载
MDL解锁文件如何下载?
http://www.mobibal.com/attachment.php?aid=NzQzOTF8MzAwMDU1YTV8MTI2NjM4ODI2MnwzN2Y2Wm1jMlVXaktZSjJjeUdHbEMrOHdJempKYW4wY1BYcHVrVkZnU1NGSUJ0aw%3D%3D&ck=8f8e2363
1、先下载附件
# I” I, ?6 U’ s, q# x4 F% t2、将锁机的多媒体卡取出,建立目录 \System\Recogs拷贝附件 thc-nokia-unlock.mdl 文件到这个目录去.
: D4 _ w# p8 L# `% u6 C/ \ N! |3、插入内存卡到锁机的电话中.程序THC-NOKIA-UNLOCK将在1-2分钟内自动运行. (整个过程将不会有任何提示)& P! T” U& \8 w8 Z6 K3 s’ a8 r8 @
4、过几分钟后,直接取下电池和内存卡$ z9 V+ m2 Z3 X: A, J; U
5、然后把 thc-nokia-unlock.mdl删除
) j, G5 |. o# L! f’ X’ r! h7 W6、重新启动机器,手机密码将重新设定为12345
OK,给分
如何将excel的格式转换成文本格式
另存为→在保存对话框“保存类型”里选择Unicode 文本(*.txt)