如何准备pdbq和pdbqs文件
这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。
在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。
比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：
％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
对于小分子配体文件，要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
会提示定义环，选1－>c－>c就可以了。
这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量操作了。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
如何制作简单的化学分子的pdb文件
生成pdb的话总结下比较方便简单的有三种:1.Chemoffice,2.Gaussview,3.Materials Studio.生成的pdb文件gromacs都是可以识别的,但是个别的文件需要简单的处理一下,例如Materials Studio生成的文件中会多出几行乱七八糟的东西,你直接删掉就可以了,只保留原子的那些~ 没太明白你所说的“键的连接和以前大不相同”,指的是键级变了吗?还是咋的?如果是键级变的话倒是没什么的,因为不同的软件中对于键的距离并不是按照统一的标准认的,稍微就行优化就可以了,或者说这合理的范围就行了~
如何导出PDB文件
晕 选导出 可以下拉输出格式 可以选择很多格式 其中就有有PDB 这个格式
[求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
好像没有这么麻烦吧,只用get-dockings name.dlg,则会在目录下自动生成name.pdb文件.
如何制作PDB文件
PBD,PowerBuilder动态库,作为本地DLL的一个替代物 PBD是必须有PB虚拟机才能执行的程序文件. PBR是编译时的打包图片的资源文件
chendraw如何保存成pdb或mol格式
北京市中国科学院科技政策与管理科学研究所, 你们所难道不是文科类的看也搞分子动力学模拟看呵呵,扯闲话了. 有下面几种方法可以实现: 在vmd中使用以下代码: mol load gro file.groset all$all writepdb file.pdb 这样就行了. 或者把file.gro导入的VMD中之后,直接点鼠标选择保存成pdb格式即可. 直接使用gromacs的命令,你选取了一个不合适的命令,使用下面的命令试试:新手别怕读手册
‘怎样把下载的文件变成PDB,GTX格式’
PDB转TXT的工具 http://www.mypocket.com.cn/Palm/LookPDBV104.zip PDB格式的文件是palm上的ebook文件,在ppc上支持不太好,必须要转换为txt才能在ppc上阅读,以前这一直是个大问题.现在Tompda上的高人开发出的dd,终于可以把pdb文件转化为txt文件了.由于pdb制作工具的不同,导致pdb格式文件的复杂性,必须要使用以下三种工具之一才能很好的解码. 首先是标准palm PDB格式文件,用这个工具转换.
谁知道怎么生成PDB格式的资料库?
/PDB:filename
如何将SDFile文件批量转化成mol2格式
方法很多,我列举一下: 1、DOCK程序中有个工具叫sdf2mol2,一听这个名字就知道是将sdf文件转化为mol2的.不过你需要和DOCK官方网站申请DOCK程序. 2、Openbabel或者Babel 这个软件非常好用,不过如果sdf是包含多个分子的文件,转化有些麻烦,需要先将多分子文件拆分成单个分子文件,即一个文件中只有一个分子,然后用babel转化就OK了,当然,可以用循环语句批量转化 上面的两种方法都是免费工具可以实现的,下面的方法就需要商业软件的支持了: 3、Sybyl 在Sybyl中读入sdf文件,生成表格,然后把表格中的分子另存为mol2分子即可. 4、MOE