如何打开mol格式的文件?
用BDF 打开,希望你采纳为满意答案.
怎样才能把mol格式的文件变成能够查看的文件?
你可以把那个文件的后缀名改成TX.再打开.在前面的字符就是那个文件的真实后缀名,再改成那个后缀名就可以了
MOL文件怎么打开
用chemcad可以打开,应该是一个化合物的结构
mol是什么文件
mol不是文件,可能是从网上进入你电脑的某个垃圾未知文件.删了就好.
如何打开MIME Type文件
假设mime类型统一是 application/xxx, 客户端注册表能够识别打开.abc文件, 主要是客户端的设置,服务器端写程序就 response.contenttype = "application/xxx"或者直接在iis的站点属性中设置mime类型 .abc 对应 application/xxx
如何将SDFile文件批量转化成mol2格式
方法很多,我列举一下: 1、DOCK程序中有个工具叫sdf2mol2,一听这个名字就知道是将sdf文件转化为mol2的.不过你需要和DOCK官方网站申请DOCK程序. 2、Openbabel或者Babel 这个软件非常好用,不过如果sdf是包含多个分子的文件,转化有些麻烦,需要先将多分子文件拆分成单个分子文件,即一个文件中只有一个分子,然后用babel转化就OK了,当然,可以用循环语句批量转化 上面的两种方法都是免费工具可以实现的,下面的方法就需要商业软件的支持了: 3、Sybyl 在Sybyl中读入sdf文件,生成表格,然后把表格中的分子另存为mol2分子即可. 4、MOE
请问摩尔庄园的设计模版,一个叫步骤的文件用什么看啊?我为什么打不开?
你下载时是一个压缩文件,有三个窗口,第二个就是了,我跟你发图:
我的手机是MOL72的,想看电子书,但是不知道怎么操作,求!!
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autodock中dlg文件怎么只能看到配体
这里,mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说,mol2是比较通用的文件格式。不过,由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应,所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs,可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。
在不同运行平台,由于awk的版本不同,运行略有不同。
比如,在sgi irix中,直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的:
%mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中,这个命令提示出错。不过,这个命令分解为两个命令就可以:
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
对于小分子配体文件,要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
会提示定义环,选1->c->c就可以了。
这是针对单个配体文件来说的,如果对于数据库中的多个小分子,就需要编写循环脚本批量操作了。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子,可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock运行中,最占时间的是格点(grid)参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318;J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430),同一个课题组发表了两篇文章,主要是以P450酶为靶点,对autodock的源代码进行修改,使不同原子类型的格点参数计算一次完成,然后,不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中(proteins,200665:549-554),一个韩国课题组发表文章,利用autodock进行虚拟筛选,文章没有对格点计算方法进行详述,不过据我推想,他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时,他们还通过修改源代码,实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中(在原代码中,只能考虑水分子的氢键供体作用)。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本,通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能,这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
如何批量获得分子的标准.mol文件或者是分子描述符
如果有能查询的地方,可以写个程序批量获取到