fasta,bam和gff格式的文件是用来描述什么类型的数据,每种格式的基本组成是什么
bam 和 gff不是很清楚,fasta知道一点.fasta是基因序列文件,第一行是序列的描述或者名称,用’>’符号开头.然后换行,第二行开始是基因序列,一般DNA的话就是A,G,C,T四种字符组成.有的FASTA第二行是不换行的,有的是换行的.这点需要注意.
gtf和gff3格式有什么不一样
she watches him over her prayer book that he may throb 前几天朋友们在 http://wxqst.com?cuh 找到的,你可以去看下,是不是你要找的.—————————————————– B两地相距500千米,甲、乙两车由两地相向而行,若同时出发则5小时相遇;若乙先出发5小时,则甲出发后3小时与乙相遇.求甲乙两车速度.解: 设甲车速度为X,乙车为Y5X+5Y=5005Y+3X+3Y=500 解得X=60,Y=40
如何合并多个gff3基因注释文件
方法/步骤首先打开KEGG搜索界面.Searchagainst输入＂hsa＂,PrimaryID类型选择“NCBI-GeneID”,在“Enterobjectsoneperlinefollowedbybgcolor,fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”.在“Examples”下方选择“人”的通路.
人类基因组注释文件哪里可以下载
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/
怎么找一个物种的wrky基因的gff文件”
ensembl可以,选择对应物种,搜索基因,然后export,,选择格式即可.ucsc应该也可以.
如何从UCSC数据库中得到GTF注释文件
最顶上显示该基因在染色体的位置(红竖线表示)接下来的是该基因的图谱,黑块代表外显子,线条代表内含子.如果继续点击,可以一直放大到核苷酸序列水平.下面的部分是其他物种的同源序列.再下面的箭头可以左右移动中点位置
基因组测序后的,gff文件中,evid – id=,这个evid指的是什么?
应该是同源基因的编号,在通用数据库里可以查到的,支持该基因信息的同源基因
基因注释文件生成矩阵python
#!/usr/bin/env python
# coding: usrtf-8
#
import os
def iterCombine(filename):
with open(filename, ‘rt’) as handle:
for ln in handle:
s1, s2, s3 = ln.strip().split(‘\t’)
gene = s1.rstrip(“;;”)
remk = s3.rstrip(“\n”)
yield gene, remk
def getDataSet(filename, spliter=’,’):
with open(filename, ‘rt’) as handle:
return set(handle.read().strip(spliter))
if __name__ == “__main__”:
datahome = r”C:\Users\Administrator\Desktop\Gene_Combine”
genes = getDataSet(os.path.join(datahome, “基因去除重复.txt”))
remks = getDataSet(os.path.join(datahome, “注释去除重复.txt”))
collector = dict()
for gene, remk in iterCombine(os.path.join(
datahome, “Gene_Combine.txt”)):
if gene not in genes or remk not in remks:
print(“基因或注释未在定义文件中出现”)
continue
collector.setdefault((gene, remk), 0)
collector[(gene, remk)] += 1
for (gene, remk), count in collector.iteritems():
print(“%-30s%-40s%-2d” % (gene, remk, count))
从基因的注释文件中我们可以得到些什么东西
在线的基因注释资源对于基因组数据的分析来说必不可少 注释就是对代码的解释和说明.目的是为了让别人和自己很容易看懂. 基因组,Genome,一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组,或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组.
genomicfeatures包怎样引用
genomic features 基因组特征 RESULTS: This article introduces a new software suite for the comparison,manipulation, and annotation of genomic features in BED and GFF format. 结果:这篇文章介绍了一个新的软件套件,对BED和GFF格式的基因组特征的比较,处理和注释.