各位高手：扩展名为“fasta”的文件是什么类型的文件？谢谢!
可使用 SeaView 打开！
SeaView 是图形化多序列比对编辑器,能够读各种比对格式
Fasta格式，又叫Person（Fasta的主要作者）格式，是SeaView 最简单的格式，使用最多。
FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性搜索程序。
程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜索。但众所周知，使用这种策略会非常耗费工作时，为了提高速度，在实施耗时的最佳搜索之前，程序使用已知的字串检索出可能的匹配。在速度和敏感度之间权衡选择依赖于ktup参数。它决定了字串的大小。增大ktup参数就会减少字串命中的数目，也就会减少所需要的最佳搜索的数目和搜索的速度。
从2.0版本开始，FASTA对每一个检索的比对都提供一个统计学显著性的评估
fasta,bam和gff格式的文件是用来描述什么类型的数据,每种格式的基本组成是什么
bam 和 gff不是很清楚,fasta知道一点.fasta是基因序列文件,第一行是序列的描述或者名称,用’>’符号开头.然后换行,第二行开始是基因序列,一般DNA的话就是A,G,C,T四种字符组成.有的FASTA第二行是不换行的,有的是换行的.这点需要注意.
FASTA文件里面的序列都是正链上的吗
FASTA是一个序列的保存形式,什么序列都可以保存的 但是你从网上所看到的序列,如NCBI上的基因序列,一般都是有义链上的
文本文档多个核苷酸序列如何转化成FASTA格式?
这个容易,自己稍微手动改些就是了. 你可以随便下一个NCBI的fasta的格式看看.我有点记不清了,按照它的格式来写. 其实差别就是上面多了一个:>XXX之类的. 最后改好后,保存关闭把文件后缀名改一下. 可能有软件可以直接改吧.不知道DNA plus可不可以.上面的方法还是可以的.
什么是fasta format
快速格式化
fasta是什么意思
FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性搜索程序. 程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜索.但众所周知,使用这种策略会非常耗费工作时,为了提高速度,在实施耗时的最佳搜索之前,程序使用已知的字串检索出可能的匹配.在速度和敏感度之间权衡选择依赖于ktup参数.它决定了字串的大小.增大ktup参数就会减少字串命中的数目,也就会减少所需要的最佳搜索的数目和搜索的速度. 从2.0版本开始,FASTA对每一个检索的比对都提供一个统计学显著性的评估.
Python如何解析fasta格式，并储存为字典
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importsys
sequence =’ ‘
fasta ={}
with open(sys.argv[1]) as file_one:
file_one_content =file_one.read()
forline infile_one_content.split(“\n”):
ifnotline.strip():
continue
ifline.startswith(“>”):
sequence_name =line.rstrip(‘\n’).replace(“>”, “”)
else:
sequence =line.rstrip(‘\n’)
ifsequence_name notinfasta:
fasta[sequence_name] =[]
fasta[sequence_name].append(sequence)
printfasta
新手求助：用perl处理fasta文件
不需要你自己重新来写，单枪匹马，刀耕火种，不是一个好的办法。
正好我也在做bioinformatics这块儿，学了点bioperl，我帮你写了个小脚本，用这个工具能很快捷的搞定你的序列！！
我大致给你说下，具体自己上bioperl网站看How To。
现在假定你的序列都为fasta格式，先用
cat *.fasta > single_all_fasta.fasta
将所有fasta序列整合到一个fasta格式中。
然后编写bioperl脚本（你要事先安装bioperl，在debian和ubuntu下很简单，自带源里就有，直接sudo apt-get install bioperl即可，很方便），你参考下：
脚本使用方法为：
perl get_fasta_length.pl single_all_fasta.fasta length.result
脚本我没有测试，一些小错误你可以修改下：
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::SeqIO;
my $in = shift; #读取文件名称
my $out = shift; #读取输出文件名称
my $flag = 0; #计数
open WH,”>> $out”;
$seqio_obj= Bio::SeqIO->new (-file =>’$in’,
-f =>’fasta’);
while($seq_obj = $seqio_obj->next_seq() ) {
print WH “$seq_obj->desc \t $seq_obj->length\n” ;
print “正在处理第$flag条序列…\n”;
$flag++;
}
print “完毕，共处理$flag条序列！结果保存至$out文件\n”;
close WH;
建议：
学好bioinfo，不会perl不行，不会bioperl更不行，它不仅可以轻松批量处理序列格式，解析blast结果，甚至在脚本里做blast，而且还可以操作biosql数据库。呵呵 建议深入学习下。